О внутренней организации Альфа Легиона известно очень мало. Еще до того, как они стали Предателями, это был окутанный завесой секретности Орден, и даже захваченные в плен космические десантники мало что могли рассказать о базах Легиона. Иногда удавалось выследить и уничтожить важных командиров, однако, это средство ни разу не оказывало серьезного эффекта на боевые операции Легиона.

Символ Легиона - Гидра - многоголовое мифологическое чудовище, которое продолжает сражаться, даже если ей отрубать головы. Легендарное существо полностью отражает как командную структуру Альфа Легиона, так и его основную доктрину многочисленных атак.

Известно, что Легион сотнями набирает рекрутов из числа молодых культистов на разнообразных Имперских планетах. Причем эти люди не обязательно являлись безумными поклонниками богов Хаоса или сумасшедшими демонопоклонниками (хотя были и такие). Многие принятые в Легион были высоко организованы, обучены и умелы в достаточной степени, чтобы свергать правительства, производить и распространять пропаганду и, когда придет время, приступать к военным актам - обычно в виде использования бомб, саботажа и подстрекательства к бунту. Обычно эти действия являют собой основу плана Альфа Легиона. Сюда может включаться все что угодно, начиная от "выманивания" основных Имперских сил в какую-либо определенную область, путем организации восстания местного населения и заканчивая предотвращением прибытия подкреплений путем взрыва моста.

Это все делается достаточно просто. Возникает другой вопрос: каким образом Альфа Легиону удается координировать все свои действия и осуществлять связь между огромным количеством небольших подразделений? Инквизитор Крэйвин не первый, кто выдвигает мнение о существовании, так называемых, "операторов". Эти люди внешне не отличаются от обычных имперцев, однако, возможно подвергаются специальной психо-гипнотической обработке Космического Десанта, благодаря которой они беспрекословно подчиняются Легиону. Эти же люди, похоже, имеют некоторые имплантированные органы десантников. В соответствии с предварительной информацией, эти операторы являются связующим звеном между ячейками культистов, и могут свободно передвигаться там, где космические десантники могли бы вызвать подозрение. Они создают новые группы, составляя план действий и распространяя между новыми последователями поступающие инструкции. Во время затягивающейся кампании, они могут вступать в местную армию, собирая ценные данные и организуя саботаж. Существование этих операторов физически еще не доказано, однако, все данные свидетельствуют в пользу мнения об их существовании.

И хотя официально представителями Адептус Терра это не признается, Альфа Легион продолжает оставаться раковой опухолью, которая растет и развивается в самом сердце Империума.